En virtud de que la situación militar no avanzaba favorablemente al gobierno pese a la superioridad de sus fuerzas, Gustavo A. Madero hizo prisionero a Huerta. Cuando el presidente tuvo noticia de ello ordenó que el general Huerta fuera a defenderse de las acusaciones de Gustavo, quien hacía ver a Francisco que Huerta tramaba la derrota de sus propias fuerzas. Huerta juró fidelidad y el presidente reprendió a su hermano por impulsivo. Esto ocurría el 17 de febrero. En la Ciudad de México el número de decesos era ya considerable. El tránsito se había interrumpido en muchas calles y eran frecuentes los bombardeos, los cañonazos y las ráfagas de ametralladora. Por fin, el día 18 se celebró un pacto abierto entre Huerta y Félix Díaz, conocido como Pacto de la Ciudadela o Pacto de la Embajada, debido a que fue firmado en el local de la representación diplomática norteamericana, en presencia de Henry Lane Wilson. Antes de que esto aconteciera, Gustavo A. Madero fue hecho prisionero en el Restaurante Gambrinus, donde se le ofrecía una comida de despedida con motivo de su viaje a Japón. Conducido a la Ciudadela, fue entregado a la tropa que, en medio del más cruel salvajismo, lo sometió a las peores torturas y finalmente lo asesinó.
Por medio del Pacto de la Ciudadela, Huerta se comprometía a hacer prisionero al presidente y, enseguida, a desconocer al Poder Ejecutivo. La situación se resolvería nombrando presidente al propio Huerta, con un gabinete formado por Francisco León de la Barra, Toribio Esquivel Obregón, Manuel Mondragón, Alberto Robles Gil, Alberto García Granados, Rodolfo Reyes, Jorge Vera Estañol, David de la Fuente y Manuel Garza Aldape. La idea consistía en que Huerta fungiera como presidente provisional para que en las elecciones obtuviera el triunfo Félix Díaz.

Al día siguiente, Madero y Pino Suárez se vieron precisados a presentar sus renuncias, las cuales fueron aceptadas, sólo con la oposición de unos cuantos diputados, por el Congreso, reunido en sesión extraordinaria. Huerta se había comprometido a entregar a Madero y a Pino Suárez, que permanecían en palacio. Los buenos oficios del embajador de Cuba, Manuel Márquez Sterling -uno de los pocos diplomáticos que no actuaron bajo la influencia de Wilson-, fracasaron y jamás pudo recibir a Madero y a Pino Suárez. Doña Sara, la esposa del presidente depuesto, solicitó la intervención de Wilson, pero éste alegó que no podía inmiscuirse en asuntos mexicanos. El Congreso nombró presidente a Pedro Lascurain, nada ajeno a la situación, quien duró cuarenta y cinco minutos en el cargo, para renunciar después de haber nombrado secretario de Gobernación a Huerta, que asumió el poder el 19 de febrero de 1913. Madero duró prisionero en palacio hasta el día 22, fecha en que se ordenó su traslado a la Penitenciaria del Distrito Federal, pero fue asesinado, junto con Pino Suárez, antes de ingresar en ella. Al día siguiente, los habitantes de la capital se decían unos a otros: ya mataron a Madero', enfatizando el ya como algo que todos esperaban. Las palabras de Venustiano Carranza, cuando se celebraron los Tratados de Ciudad Juárez, habían resultado proféticas. La advertencia de los renovadores no logró hacer reaccionar al presidente idealista.

Historia de México. Vol. 9. Alvaro Matute, "Madero: del triunfo a la "decena trágica". México, Salvat Editores, 1974.